Лучше поздно, чем никогда, отвечу) Чтобы толкало nvidia-**** , попробуй к ним пути прописать в sudoers
# Cmnd alias specification
/usr/bin/nvidia-settings, /usr/bin/nvidia-smi
И стартовать скрипт управления вентиляторами надо не из rc.local а из автозапуска приложений в оболочке, параметры-приложения по умолчанию-автозапуск. Там прописать путь к скрипту вентиляторов. У меня только так заработало, с rc.local тоже не стартует, слишком рано видимо пытается запустить.