Поменяйте местами в PCI слотах карту с той что нормально работает - сделайте вывод дело в карте или в слоте матери. Проверяйте райзер, питание - греется или нет, поменяйте райзер на другой. Шитые или нет ? - проверяйте версию драйвера. Если дело в матери - пробуйте обновлять биос.